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APORTES DEL PROYECTO GENOMA DE T. CRUZI
PROBLEMATICA DE LA ENFERMEDAD DE CHAGAS
Simposio internacional. Academia Nacional de Medicina.
Buenos Aires, 19-20 abril 1999
CONTRIBUCION DEL PROYECTO GENOMA DE TRYPANOSOMA CRUZI A LA
COMPRENSION DE LA PATOGENESIS DE LA CARDIOMIOPATIA CHAGASICA CRONICA
MARIANO J. LEVIN
Instituto de
Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular,
(INGEBI, FCEyN UBA-CONICET), Buenos Aires
Key words: Chagas disease, inverse antigens, anti-cardiac
receptor antibodies, SIRE associated sites, heart biopsies
Resumen
El
proyecto genoma de Trypanosoma cruzi (PGTc) es una iniciativa
multinacional desarrollada dentro del marco de dos organizaciones
internacionales OMS/TDR y CYTED. Debe considerarse como una
herramienta de sumo valor para el estudio de diversos aspectos de la
enfermedad de Chagas. Pone a disposición de investigadores básicos y
clínicos una gran cantidad de información sobre los genes expresados
por el parásito (ver base de datos de PGTc,
http://gene.dbbm.fiocruz.br) y una importante cantidad de bibliotecas
genómicas y sondas de genes expresados (ESTs). Presentamos cuatro
ejemplos sobre el uso de este material en el estudio de la
patogénesis de esta infección crónica. 1) Demostramos la
posibilidad de derivar antígenos a partir de ESTs, tarea de
relevancia para comprender la reactividad anti-receptores cardíacos
presente en el suero de pacientes chagásicos. 2) Introducimos los
conceptos de proteoma, vacunoma y patonoma, conjunción de técnicas
necesarias para analizar la información que surge del PGTc. 3)
Demostramos cómo las regiones ya secuenciadas del genoma dan claves
sobre el carácter dinámico y flexible del mismo, y por último 4)
mostramos cómo la información del PGTc puede ser utilizada para
estudiar el ADN del parásito asociado a la lesión cardíaca
crónica.
Abstract
Contribution
of the Trypanosoma cruzi Genome Project to the understanding of Chagas
disease pathogenesis. The Trypanosoma cruzi Genome Project (TcGP) is
developed by a consortium of laboratories brought together by two
international agencies, WHO/TDR and CYTED. The TcGP is an important
tool for the study of Chagas disease. It provides researchers and
clinicians with information about expressed parasite genes (see TcGP
database, http://gene.dbbm.fiocruz.br) and with an important number of
genomic libraries and probes (ESTs). We show with four examples how
the TcGP contributes to the understanding of the pathogenesis of this
infection. 1) We demonstrate how to derive antigens from ESTs, an
important feature regarding the generation of anti-cardiac receptor
antibodies in chagasic patients. 2) We introduce concepts such as
proteome, vaccinome and pathonome that include all techniques needed
to analyze quickly the growing amount of genomic information. 3) We
show that the genomic regions that have been already sequenced give
clues as to the plastic nature of the parasite nuclear genome.
Finally, 4) we show how the genome sequences can be used to study the
parasite DNA that is associated to the cardiac lesions.
Dirección postal: Dr. Mariano J. Levin, INGEBI, Vuelta de
Obligado 2490, 1428 Buenos Aires, Argentina. Fax: 54-11-4786-8578
E-mail: mlevin@proteus.dna.uba.ar
El proyecto genoma de Trypanosoma cruzi (PGTc) surgió en 1993 como
resultado de la conjunción de varios factores, entre los cuales se
destacan tres: a) los avances en el campo del proyecto genoma humano
producto del trabajo de un equipo de investigadores franceses
dirigidos por el Dr. Daniel Cohen1, b) el deseo de un grupo importante
de científicos latinoamericanos de incorporar las técnicas
genómicas al estudio del T. cruzi, y c) el encuentro de los mismos
con el Dr. Daniel Cohen y un numeroso grupo de investigadores
franceses, en las Jornadas Franco-Latinoamericanas sobre los Avances
de la Investigación Biomédica: Diagnóstico Molecular, Terapia
Génica y Proyecto Genoma Humano realizadas el 23 y 24 de noviembre de
1993 en la Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires, Argentina.
Hacia fines de 1993 Cohen y sus colaboradores demostraron la
factibilidad de un enfoque de genoma total para la construcción del
mapa físico del genoma humano1. Para conseguirlo utilizaron técnicas
de automatización sobre una biblioteca de grandes fragmentos de ADN
obtenidos a partir del ADN genómico aislado de glóbulos blancos de
un individuo. Durante las Jornadas Franco-Latinoamericanas el Dr. D.
Cohen propuso una técnica semejante para comenzar el PGTc, tarea que
comenzó en febrero del año siguiente2, 3, 4, 5. Esta y otras
iniciativas fueron coordinadas por dos redes internacionales de
laboratorios, las del CYTED y OMS2, 4, 6, que cooperaron para
construir las primeras bibliotecas genómicas, comenzar la secuencia
en gran escala de marcadores derivados de genes expresados en el
estadio epimastigote del parásito (ESTs, expressed sequence tags), y
para construir el banco de datos del proyecto7.
En esta comunicación se presentan cuatro ejemplos que demuestran
cómo el material y la información surgidos del PGTc aportan a la
respuesta de preguntas sobre la inmunopatología de la enfermedad de
Chagas, o sugieren nuevas formas para encararlas.
1. Reactividad anti-receptores cardíacos de pacientes chagásicos
y antígenos de
T. cruzi obtenidos a partir de ESTs (IA, inverse antigens)
En el año 1992, en colaboración con el Dr. Johan Hoebeke IBMC,
Strasbourg, Francia, detectamos por primera vez en pacientes
chagásicos la existencia de anticuerpos que reaccionaban con el
segundo dominio extracelular del receptor b1 adrenérgico8.
Simultá-neamente, uno de nosotros, MJL, descubrió la existencia de
homología entre un pentapéptido, AESEE, de la región C-terminal del
antígeno ribosomal P0 de T. cruzi y un pentapéptido, AESDE, presente
en el mencionado dominio extracelular. Desde esa fecha en adelante nos
abocamos, junto con los médicos del Servicio de Cardiología del
Hospital Ramos Mejía, Buenos Aires, Argentina y varios equipos
colaboradores, a la ca-racterización de las reacciones
anti-receptores cardíacos en la enfermedad de Chagas8, 9, 10, 11, 12,
13, 14, 15, 16, 17. Del conjunto de los resultados se desprende que
este tipo de auto-reactividad es provocada por anticuerpos
anti-epítopes parasitarios que tienen baja afinidad por los
receptores cardíacos13. Los primeros epítopes parasi-tarios que
inducen anticuerpos con propiedades auto-reactivas funcionales han
sido caracterizados, y se encuentran en las regiones C-terminales,
ricas en glutámico y aspártico, de las proteínas ribosomales TcP0,
y TcP2b de T. cruzi, ver Fig. 110, 12, 13. Sin embargo la variedad y
el polimorfismo de la respuesta anti-receptores cardíacos en
pacientes chagásicos son tales12, que resulta difícil explicarlas
como producto de la acción de anticuerpos dirigidos sólo contra dos
proteínas, por más antigénicas que sean. Esto nos llevó a postular
la existencia de otros antígenos parasitarios ricos en residuos
ácidos. Inicialmente propusimos que éstos deberían tener trechos de
hasta 20 o más glutámicos y/o aspárticos seguidos18. Sin embargo,
luego de dos años de rastrear diferentes bibliotecas de expresión
con sueros de pacientes chagásicos no pudimos detectar ningún
antígeno con estas características.
Ante este fracaso, decidimos recurrir a los útiles generados por el
PGTc buscando secuencias de EST que pudieran codificar para un
péptido con las características mencionadas. Finalmente, en la
colección de ESTs del Instituto de Parasitología y Biomedicina
«López Neyra», Granada, España, encontramos un EST que codificaba
un péptido con varias seguidillas de aminoácidos ácidos, Fig. 2.
Para probar su antigenicidad se intentó expresar el producto de este
EST en bacterias, pero probablemente por su acidez extrema esto no fue
posible19. Indirectamente esto indica por qué no se pueden aislar
este tipo de péptidos en rastreos inmu-nológicos convencionales, y
demuestra la utilidad del PGTc al proveer colecciones extensivas de
genes parasitarios.
Ante esta dificultad, la única solución fue expresar (Fig. 2) en el
contexto del gen entero. Para ello usamos el EST como sonda para
rastrear la biblioteca de cósmidos del PGTc4. Esto permitió
identificar un fragmento genómico positivo a partir del cual se
obtuvo el gen completo, que codifica para una proteína de PM 130 kDa
que denominamos proteína ácida, o PA. La secuencia de aminoácidos
de PA estableció que la región ácida derivada del EST se encuentra
en la región C-terminal de la proteína. A diferencia del fragmento
ácido, la proteína completa se expresó en bacterias (ver esquema en
la Fig. 3). También se expresó el fragmento correspondiente al
extremo N-terminal, Fig. 3. El análisis de Western blots demostró
que la PA es antigénica en pacientes con enfermedad de Chagas, y que
la antigenicidad se encuentra confinada al extremo C-terminal de la
proteína, ya que los sueros no reconocen el fragmento N-terminal.
En resumen, este ejemplo demuestra la utilidad del PGTc que puso a
nuestra disposición colecciones de EST, y de cósmidos que fueron
usadas para obtener el gen PA, luego expresarlo y demostrar su
antigenicidad (Fig. 4). El procedimiento empleado para encontrar este
antígeno es el inverso del que usamos clásicamente20 ya que primero
se predijo la antigenicidad de un péptido parasitario, y recién
después de clonar el gen entero se demostró que era antigénico en
la enfermedad; por esta razón denominamos a este tipo de antígenos
«inverse antigens» (IA)21.
Queda por demostrar si los anticuerpos inducidos por PA tienen alguna
acción sobre los receptores cardíacos. Un esquema semejante al que
utilizamos para evaluar la actividad funcional de los anticuerpos
inducidos por la proteína TcP2b será usado también en este caso22.
2. Proteoma, Vacunoma, Patonoma
Para analizar rápidamente la información procedente de los
proyectos genoma se han comenzado a implementar técnicas de análisis
que combinan la información experimental en un campo dado con el
cúmulo de datos aportados por el proyecto genoma correspondiente. En
el caso de analizar el comportamiento de la dotación proteica de una
célula para identificar proteínas que existen o desaparecen ante un
estímulo determinado, se combinan las técnicas de electroforesis
bidimensional (EBD), con el análisis por espectroscopia de masa de
las proteínas identificadas por EBD, y con la información de los
bancos de datos del proyecto genoma corres-pondiente, en lo que se
denomina Proteoma (Fig. 5). Un esquema de combinación de técnicas
también se podrá aplicar para estudiar la patogénesis de la
enfermedad de Chagas una vez que el genoma de T. cruzi esté
completamente secuenciado, ver Patonoma en la Fig. 5. Entretanto se
puede prever cómo podría plantearse un estudio semejante. En
colaboración con el equipo del Dr. Franco da Silveira (ESP, São
Paulo, Brasil) hemos construido un mapa físico de un tercio de la
banda cromosómica XVI del genoma nuclear de T. cruzi.23 sobre el que
ubicamos 112 genes. ¿Cómo hacer para rastrear la capacidad
patogénica de alguna o de todas las proteínas codificadas por estos
genes? ¿Cómo hacer para analizar la capacidad inmunoprofiláctica de
alguna o de varias proteínas codificadas por estos genes (Vacunoma en
Fig. 5)?
La complementación de técnicas que conforman el patonoma y el
vacunoma nos permiten adaptar lo conocido para el análisis de un gen
a la masividad de la información genómica. Así, una vez
identificados los genes completos se amplificarán usando las
técnicas de amplificación génica, y se clonarán en plásmidos
vacunantes aptos para dirigir la expresión de los genes parasitarios
en células de mamíferos24.
Estos plásmidos permiten a) inmunizar ratones con un mínimo de costo
operativo en comparación con las inmunizaciones convencionales, b)
inmunizar con «pool» de plásmidos y c) evaluar rápidamente sus
consecuen-cias, ya sea en estudios de patogénesis como en los
relacionados con inmunoprotección. En el campo de la patogénesis la
inmunización con plásmidos se podrá seguir por monitoreo
electrocardiográfico22, mientras que en el caso del estudio
inmunoprofiláctico, se evaluará la capacidad protectora del o los
antígenos inmunizantes24.
3. SIRE y SAS, marcadores genéticos de T. cruzi que revelan un
genoma dinámico
Entender la capacidad adaptativa del genoma parasitario es
fundamental para el análisis de la patogenia de la infección. Uno de
nuestros aportes al PGTc ha sido la caracterización de una serie de
marcadores genéticos que han resultado claves para la interpretación
de una serie de estudios genómicos25, 26 y para el análisis de los
resultados de secuenciación en gran escala27.
El primer marcador genético que describimos fue un elemento
repetitivo de 428 pb llamado SIRE, short interspersed repetitive
element, Fig. 628. Se usó para caracterizar cromosomas y en el
clonado de grandes fragmentos genómicos5, 29. Como está polidisperso
en el genoma nuclear decidimos utilizarlo como base para definir una
serie de nuevos marcadores: las secuencias asociadas a SIRE, SAS30.
Los SAS se conocen también como SZ y uno fue llamado VIPER. Todos
ellos fueron depositados en el banco de datos del PGTc a medida que
fueron secuenciados y/o analizados.
Además de contribuir a la identificación de determi-nadas bandas
cromosómicas23, 29, VIPER y SIRE fueron fundamentales en el análisis
del primer continuo de 90.000 pb de T. cruzi que fue secuenciado27.
Esta región pertenece al cromosoma 3, de aproximadamente 0.5 Mb.
Dentro de la misma, VIPER marca un cambio en la orientación del
sentido de la transcripción de los genes27.
Recientemente un equipo norteamericano identificó una proteína de
superficie llamada VP85 como factor de virulencia parasitario25. Al
comparar sus secuencias descubrieron que dos SAS eran miembros de esta
familia de genes. Lo que equivale a decir que algunos miembros de esta
familia están asociados a SIRE. Mientras que el equipo del Dr. J.L.
Ramírez (USB, Caracas, Venezuela) describió la presencia de SIRE y
el SAS SZ23 (ORF1) en los telomeros, Fig. 726. El conjunto de nuestros
resultados nos llevan a sugerir que SIRE y SZ23 definirían una
región de expresión de ciertos telomeros30. Dentro de esta
hipótesis SIRE podría mediar, por recombinación homóloga, el
desplazamiento de genes de proteínas de superficie, tales como VP85,
hacia sitios de expresión teloméricos.
En definitiva el conjunto de los resultados analizados25, 26, 27, 30
sugiere que el genoma de T. cruzi es más dinámico de lo que, a
veces, el mismo PGTc induce a pensar. En la composición del genoma de
este parásito se esconden las bases de los mecanismos adaptativos que
le permiten colonizar un individuo. Quizás el PGTc sea importante
porque provee una información marco que permitirá estudiar el genoma
que más nos interesa, el del parásito que infecta y produce la
lesión.
4. Resultado del estudio simultáneo de dos genomas
Hace varios años que demostramos la factibilidad de estudiar el
genoma humano y el genoma del parásito a partir de tejido cardíaco
obtenido de necropsias de pacientes31. Inicialmente el estudio se
restringía a amplificar genes humanos, b globina, y regiones
variables del minicírculo del parásito31. Actualmente trabajando con
biopsias y utilizando técnicas de micromanipulación se puede llegar
a obtener material genético de hasta una célula y secuenciarlo32. En
colaboración con el Dr. R. Laguens y su grupo en Fundación Favaloro
(Buenos Aires, Argentina) usamos esta técnica para analizar biopsias
cardíacas de pacientes chagásicos que presentaban un infiltrado
inflamatorio leve.
El análisis histológico no reveló presencia T. cruzi. Sin embargo,
micromanipulando diversas regiones, prepa-rando el ADN correspondiente
y realizando reacciones de amplificación génica anidada, o de nested
PCR, se lograron amplificar diversas regiones variables de
minicírculo del parásito que fueron secuenciadas. Las secuencias
presentaron una gran variabilidad y se reconocieron como
pertenecientes a minicírculo por su muy bajo contenido en citidinas,
menor al 5%33. También se pudieron amplificar secuencias de SIRE, que
luego de su secuenciación sólo presentaron una mutación con
respecto a la secuencia de la Fig. 6.
La micromanipulación también permite analizar el genoma del
paciente. Dado nuestro interés en los anticuerpos que se producen en
los sitios de la lesión cardíaca, estudiamos las regiones variables
de los genes que los codifican. Esto permitió en principio, el
análisis de las mutaciones somáticas de las regiones variables de
las inmunoglobulinas, y permitirá en un futuro próximo, el clonado
del anticuerpo correspondiente para analizar su especificidad. La gran
cantidad de mutaciones acumuladas en las regiones variables de los
anticuerpos indica que las células plasmáticas presentes en la
lesión han estado activadas desde mucho antes del momento de la
biopsia.
Las técnicas de micromanipulación ofrecen una nueva forma de encarar
el estudio de la lesión cardíaca del enfermo chagásico. En la
medida en que se puedan identificar regiones del genoma de T. cruzi
implicadas en diversos aspectos de su ciclo de vida, éstas se podrán
caracterizar en el genoma del parásito que se encuentra en la
lesión.
A modo de conclusión, estos ejemplos demuestran que el PGTc aporta
información, almacenada en la base de datos del proyecto, y material,
bajo forma de bibliotecas y marcadores, que sirven para encarar los
estudios en el campo de la enfermedad de Chagas con más y mejores
herramientas. La complejidad de esta infección crónica nos impulsa a
utilizarlas.
Agradecimientos: Agradecemos la muy eficiente tarea de la
bioquímica Cecilia Medrano y la técnica Mariana Catalani en el PGTc.
Este trabajo contó con el apoyo de UNDP/World Bank/WHO Special
Programme for Research and Training in Tropical Diseases; European
Commission contract 936018 AR; Programa Iberoamericano de Ciencia y
Tecnología para el Desarrollo (CYTED); ICI (Madrid, España); Project
genome T. cruzi INGEBI-Foundation Jean Dausset-CEPH (95-97); Proyectos
de investigación de la UBA; Programa Genoma de T. cruzi asociado al
proyecto genoma humano de la UBA, Proyecto Genoma de T. cruzi del
CABBIO (96-98); CONICET y FONCyT BID 802/OC-AR PICT 01421 y PICT
02030. MJL es becario de John Simon Guggenheim Memorial Foundation
(98-99).
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Universidad de Buenos Aires, 1990.
1Son autores de este trabajo
Instituto de Investigaciones en Ingeniería y Biología Molecular,
INGEBI, FCEyN UBA-CONICET, Buenos Aires, Argentina; # Deuts-ches
Rheuma ForschungsZentrum, Berlín, Alemania; + Instituto de
Parasitología y Biomedicina «López Neyra», Granada, España.
Sergio Ghio*, Fernando Elías#*, Pablo López Bergami*, Hernán
Lorenzi*, Evelina Mahler*, Claudia Ben-Dov*, Juan Burgos*, Francisco
Quintana*, Romina Volcovich*, Martín Vázquez*, Alejandro Schijman*,
Gabriela Levitus*, Claudia Berek#, Antonio González+ y Mariano J.
Levin*.
Fig. 1.– Secuencias aminoacídicas de los segundos dominios
extracelulares de los receptores cardíacos humanos y de los epítopes
C-terminales de las proteínas ribosomales TcP0 y TcP2b8, 9, 10, 11,
12, 13. Estos últimos inducen anticuerpos que poseen la propiedad de
reaccionar con los receptores cardíacos10, 12, 13.
Fig. 2.– Secuencia del péptido ácido derivado de la colección de
ESTs del Instituto de Parasitología y Biomedicina «López Neyra»
(Granada, España). Se resaltan en negro los residuos ácidos (E:
ácido glutámico y D: ácido aspártico).
Fig. 3.– Esquema que muestra la localización de la región ácida
en PA. Las flechas indican los péptidos expresados y usados para
evaluar la reactividad anti-PA de sueros chagásicos.
Fig. 4.– Esquema de la utilización de ESTs y bibliotecas genómicas
del PGTc en la búsqueda de IA (inverse antigens). El EST proviene de
la colección de ESTs del PGTc y el cósmido de la biblioteca que se
menciona en Zingales et al.4.
Fig. 5.– Conceptos de proteoma, vacunoma y patonoma, conjunción de
técnicas necesarias para analizar la información que surge del PGTc.
Fig. 6.– Secuencia nucleotídica de SIRE, short interspersed
repetitive element, tal como se describió en Vázquez et al. 199428.
Fig. 7.– Los 2 tipos de telómero de T. cruzi ordenados sobre el
marcador SZ14. Este diagrama esquematiza la hipótesis que implica a
los extremos teloméricos que contienen a SIRE y al ORF1, presente
también en marcador SZ23, como sitios de expresión26, 30.
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